ย้อนกลับไปในวันที่ ๗ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๓๙ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ ได้เสด็จพระราชดำเนินถวายผ้าพระกฐิน ณ วัดอรุณราชวราราม ราชวรมหาวิหาร โดยกระบวนพยุหยาตราทางชลมารคจึงได้มีการเชิญเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙
เป็นเรือพระที่นั่งทรงในครั้งนี้ ซึ่งปกติแล้วเมื่อมีการเสด็จพระราชดำเนินโดยกระบวนพยุหยาตราทางชลมารค เรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์จะเป็นเรือพระที่นั่งทรงหรือเรือพระที่นั่งประทับเสมอ จึงทำให้เรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์ต้องลอยลำดับตามหลังเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙ เหมือนกับเรือพระที่นั่งอนันตนาคราช และเรือพระที่นั่งอเนกชาติภุชงค์.
เหตุการณ์ครั้งนี้เป็นที่เล่าขานของชาวบ้านทั่วไปว่า เรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์น้อยใจไม่ยอมลงน้ำ เพราะปกติแล้วจะเป็นเรือพระที่นั่งทรงมาโดยตลอด บ้างก็บอกว่าฝีพายไม่สามารถประคองเรือพายต่อไปได้ ต้องหันหัวเรือพระที่นั่งกลับอู่เรือพระราชพิธีในทันที
บ้างก็บอกว่ายังสามารถประคองเรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์ไปต่อยังวัดอรุณราชวรารามได้ ถือได้ว่าเป็นการเสด็จพระราชดำเนินโดยกระบวนพยุหยาตราทางชลมารคที่เกิดเหตุฝนตกและมีลมกรรโชกแรงมากที่สุดในรัชสมัยรัชกาลที่ ๙.
